Le décret de création de la Réserve naturelle permet le maintien de la chasse sur son territoire. Cependant, un minimum de 10% de son territoire est classé en réserve de chasse. Les sociétés de chasse se sont efforcées d’accoler, autant que possible, leurs parcelles pour constituer des éléments d’un seul tenant. Plusieurs sont localisées dans des secteurs de présence du Grand Tétras. Par ailleurs, la chasse est interdite dans les Zones de quiétude de la faune sauvage en cas d’enneigement supérieur à 15 cm ou au plus tard, à partir du 15 décembre de chaque année.

La chasse est une « activité » traditionnelle qui permet, par le biais des prélèvements sur les populations d’animaux classés « gibier », d’assurer la régulation de la faune sauvage. Sur la Haute Chaîne, la gestion cynégétique concernent principalement la maîtrise des populations de Sangliers, le contrôle de l’augmentation des populations de Chamois et de Cerfs. Gérer les populations de sangliers reste, par exemple, nécessaire à la conservation de l’avifaune nichant au sol (à l’instar des tétraonidés) et à la conservation des pelouses d’alpage.

La présence des chiens de chasse dans la Réserve naturelle (uniquement en période de chasse), à l’exclusion de tous les autres chiens (sauf chiens de berger et de secours), demeure mal acceptée par les autres usagers qui ont la difficulté à comprendre que cette interdiction est un facteur de quiétude de la faune, en particulier au printemps pour les jeunes animaux.

La chasse au Grand Tétras est fermée depuis 1974 dans l’Ain et celle de la Gélinotte des bois a un plan de chasse « Zéro » depuis 1995.              

Le conservateur de la Réserve naturelle de la Haute Chaîne du Jura siège à la commission départementale de la chasse et de la faune sauvage (CDCFS) en tant que personne qualifiée en matière scientifique et technique.