Souvent confondus, ces deux structures constituent des outils distincts mais complémentaires pour assurer la préservation de l’environnement local.

Une Réserve naturelle protège des parties des territoires d’une ou plusieurs communes dont la faune, la flore, le sol, les eaux, les gisements minéraux, les fossiles présentent une importance particulière. Elle met en œuvre une réglementation adaptée à la conservation de ces éléments sur le territoire protégé.

Un Parc naturel régional (PNR) est un territoire regroupant plusieurs communes qui adhèrent à des objectifs communs de développement et d’aménagement du territoire respectueux de l’environnement local. Un parc naturel régional ne fait l’objet d’aucune réglementation particulière : les réglementations nationales sont applicables.

Bien que le territoire de la Réserve naturelle nationale de la Haute Chaîne du Jura soit majoritairement inclus dans les limites du Parc naturel régional du Haut-Jura, leur fonctionnement est clairement dissocié. Ceci étant, le PNR du Haut-Jura est un partenaire privilégié de la Réserve naturelle sur de nombreux projets. Une convention de partenariat lie d’ailleurs ces deux structures depuis 2003.