La Réserve naturelle a pour objectif la protection des milieux naturels et des espèces de la faune et de la flore, tout en conservant les activités économiques et traditionnelles (décret de création de la RNNHCJ)

La création d’alpages sur la Haute Chaîne du Jura remonte au Moyen-âge. Les traces apparaissent çà et là sous la forme de nombreux murets de pierres sèches et de ruines de chalets d’alpage.

La surface forestière, quant à elle, est estimée à 7 989 ha. Elle représente plus de 73% de la surface de la Réserve naturelle et les forêts font partie d’un massif forestier de 17 000 ha d’un seul tenant. L’ONF, assure l’aménagement forestier dans les forêts publiques. Cet outil de planification intègre l’évolution des connaissances, des techniques et des demandes de la société. Les propriétaires forestiers privés gèrent leurs propres forêts en relation parfois, avec les techniciens du CRPF (Centre régional de la propriété forestière).

Les 11 000 hectares de la Réserve naturelle s’étendent sur 18 communes (quelques communes voisines sont, par ailleurs, propriétaires de forêts ou de pâturages au sein de la Réserve naturelle). Au total, la propriété communale représente 65% de la Réserve naturelle (un peu plus de 7 000 ha), l’État possède, pour sa part, 65 ha, soit moins de 1% (principalement la « forêt domaniale » de la Valserine), et les propriétés privées concernent environ 3 600 ha.