Dès le Moyen-âge, les herbages d’altitude ont été convoités par les communautés villageoises du piémont gessien autant pour le pâturage d’été que pour les possibilités de récolte de foin.

A partir du XVIIe siècle et grâce à la mise en oeuvre de la « grande montagne », c’est-à-dire l’organisation des alpages nécessaires à la fabrication du gruyère, les alpages couvraient l’ensemble des sommets de la Haute Chaîne du Jura. Traditionnellement, chaque alpage était exploité par une équipe composée d’un fromager, de deux à trois bergers et d’enfants qui, outre la fabrication du fromage et du soin apporté au bétail, contribuait à l’entretien de l’espace herbagé. La conduite du troupeau sur les zones pâturées, l’entretien des goyas, l’épandage des fumiers, l’éradication d’espèces végétales indésirables (buissons, vérâtre, gentiane jaune, chardons) et la coupe de bois nécessaire au chauffage et à la fabrication fromagère constituaient les principaux travaux des bergers. On retrouve cette organisation jusqu’en 1960.

Depuis le début des années 80, les vaches laitières ne montent plus à l’alpage et la fabrication de « Comté » et de « Bleu de Gex » a cessé. Les alpages sont utilisés pour l’élevage et l’engraissement de génisses d’embouche. Aujourd’hui, 3 500 ha de pâturages sont disponibles pour l’estive d’environ 4 000 têtes de bétail (majoritairement bovins avec ça et là quelques troupeaux ovins, équins ou caprins).

L’absence de bergers transforme la conduite des troupeaux. La pression de pâturage est modifiée, certains secteurs d’alpage sont abandonnés et d’autres sont inégalement pâturés. Les conséquences de cette déprise pastorale entraînent la fermeture des milieux anciennement pâturés, l’avancée des lisières forestières, la colonisation des pelouses et des prairies par des espèces pionnières, ou envahissantes ou dénuées de valeur fourragère (vérâtre, chardon…).

41 chalets d’alpage sont disséminés sur la Haute Chaîne du Jura. Ils conservent, à quelques exceptions près, une vocation pastorale, mais ne sont plus utilisés de façon dynamique et constante durant la saison d’alpage étant donné que les étables ne servent plus à l’abri ou à la traite du bétail et que le logement n’est pas utilisé en raison de l’absence de berger. Quatre chalets sont encore actifs avec utilisation pastorale dynamique : La Maréchaude, Varambon, Curson, le Crozat.
Ces chalets sont très présents dans le paysage typé des alpages de la Haute Chaîne du Jura. Ils sont considérés comme des éléments importants du patrimoine lié à l’alpage et le lieu de mémoire de l’histoire des pratiques pastorales du XVIIIe au XXe siècle.
Afin de conserver les éléments architecturaux typiques des chalets d’alpage jurassien, un guide de réhabilitation a été édité par le PNR du Haut Jura (DRAUSSIN, 2007). Ces préconisations de réhabilitation sont directement utilisées dans le cadre des autorisations de travaux délivrées par le préfet.

En 2014, le Conseil départemental de l’Ain (CD01) acquiert la propriété de la Chenaillette. Cette dernière sera labellisée Espace naturel sensible (ENS) en juillet 2014. Très rapidement, un Plan de gestion intégré (PGI) est lancé sur cet alpage afin de réhabiliter une activité pastorale compatible avec les enjeux patrimoniaux et environnementaux du site : présence de Tétraonidés, maintien des zones de pré-bois et restauration du chalet d’alpage. Pour ce projet le CD01 a engagé des travaux importants de rénovation du chalet et de l’alpage (chemin d’accès, toiture et façades du chalet, création de goyas, rénovation de citernes,…). La Réserve naturelle nationale est partenaire dans ce projet et participe aux comités du site ENS organisés par le Département.

Au-delà du PGI de la Chenaillette, le CD01 accompagne financièrement la Réserve naturelle dans de nombreux projets (animations scolaires, étude génétique du Grand Tétras, communication, …). Une convention de partenariat lie d’ailleurs ces deux structures depuis 2015.