La surface forestière représente plus de 73 % de la Réserve naturelle et est estimée à 8 000 ha. Ce vaste manteau boisé couvre l’essentiel des deux versants de la Haute Chaîne du Jura, dont l’importance est autant d’ordre écologique qu’économique.

• Sur le versant gessien, l’essentiel du domaine boisé appartient aux communes et relève donc du régime forestier.
• Sur le versant de la Valserine, la propriété forestière est morcelée entre de nombreux propriétaires privés.

La production de bois sur les forêts gérées de la Réserve naturelle n’est pas incompatible avec la protection de la faune et de la flore. La quasi-totalité adopte une sylviculture de type irrégulière (futaie jardinée, traitement sylvicole en futaie irrégulière). Les arbres sur une parcelle forestière ont des âges et des diamètres différents. Cette structure de peuplement permet d’accueillir, de protéger et de favoriser la présence d’espèces remarquables sur la Réserve naturelle.

Natura 2000 (site FR8201643 « Crêts du Haut-Jura ») couvre la quasi-totalité des parcelles forestières de la Réserve naturelle. Ce zonage permet aux propriétaires forestiers de contractualiser des travaux forestiers qui allient :

• La production de bois d’œuvre de qualité,
• La protection des espèces par une sylviculture favorable à leur protection et leur développement.

Aujourd’hui, la connaissance de l’évolution de la forêt sur la Réserve naturelle vis-à-vis du changement climatique reste un outil majeur pour pouvoir comprendre, prévenir et agir. La mise en place, en 2008, d’un réseau de 279 placettes permanentes sur toute la Haute Chaîne du Jura s’inscrit dans cet objectif. Sur ces placettes, un protocole dit «Protocole de suivi dendrométriques des réserves forestières» (PSDRF) permet le suivi, par des mesures précises, de l’évolution de la forêt, de sa naissance, semis de plants forestiers, à sa mort, suivi de l’évolution de bois mort. Cette action, comme d’autres, est inscrite dans la convention de partenariat qui lie l’ONF et la Réserve naturelle.