C’est l’exceptionnelle diversité de la flore qui a, la première, été mise en évidence par les milieux naturalistes. La Haute Chaîne du Jura, située face aux Alpes et dominant le bassin lémanique, ainsi que la Cité de Genève, offre un panorama incomparable. Sa facilité d’accès en fait un terrain d’étude privilégié.
Dès le XVIème Siècle, et encore plus au siècle des Lumières, les botanistes britanniques et suisses ont, avant tous les autres, arpentés les crêtes et en ont décrit quelques-uns des joyaux de cette montagne : le Chardon bleu, la Dryade à huit pétales, le Sabot de Vénus, l’Orobanche de Bartling ou encore le Lis de Saint-Bruno. Certains, comme l’écossais Thomas Blaikie ou le bernois Albrecht Von Haller, élaborent même, à partir de leurs observations, une méthode d’analyse et de classification.

C’est le secteur du Reculet-Crêt de la Neige qui, dans les années 1960, sert de base à la première demande de classement de la Haute Chaîne par les botanistes gessiens : le professeur Piquet, les docteurs Moreau et Corcelle. Les associations végétales, décrites en 1972 par Claude Béguin, y sont particulièrement riches et diversifiées. Citons pour exemples les prairies à Vérâtres et à Circe, les pelouses à Campanule en thyrse, les pelouses à Seslérie et Laser.

Parmi les 1 466 plantes recensées dans la Réserve naturelle, les experts botaniques retiennent 150 plantes présentant un fort intérêt local, dont 85 espèces figurent dans les listes de protection et 6 espèces sont protégées à l’échelon national.