Vaste de près de 11 000 hectares, la Réserve naturelle nationale de la Haute Chaîne du Jura occupe, dans le département de l’Ain, l’essentiel de la « Haute Chaîne du Jura ». Celle-ci s’étire sur 40 kilomètres de la frontière vaudoise, au nord, au défilé du Fort-l’Écluse, au sud. C’est le chaînon le plus oriental, le plus étroit mais aussi le plus élevé de tout le massif. Son point culminant, le Crêt de la Neige (1720 m), n’émerge guère de la ligne de crête : Mont Rond (1596 m), Colomby de Gex (1 689 m), Reculet (1 718 m) et le massif du Grand Crêt d’Eau (1 621 m).

Plissé puis faillé, en contrecoup de la surrection des Alpes, à l’ère tertiaire (qui regroupe 2 périodes : le Paléogène et le Néogène), puis soumis, il y a 20 000 ans encore, à l’érosion glaciaire, son relief est tourmenté. Toutes formes du relief jurassien s’y trouvent bien représentées.

Les « monts » qui chevauchent vers l’ouest la vallée de la Valserine, les nombreuses failles, les glaciers, le gel ou encore l’eau ont favorisé la formation de combes anticlinales (Creux de l’Envers), de cirques glaciaires (Creux de Narderans, Creux de Praffion), de falaises et de « balmes » (les voûtes, défilé des Hirondelles), de pierriers, de dépôts morainiques. Les nombreuses formes de dissolution de surfaces comme les lapiaz, les dolines, les creux et les gouffres témoignent de l’intense activité du karst.

L’amplitude de la dénivellation, plus de 1 200 mètres entre les sommets et les points les plus bas, sur les bas-monts ou Fort-l’Écluse, favorise l’étagement des milieux. La double exposition des deux versants, sud-est pour le Pays de Gex et nord-ouest pour la Valserine, accentue les contrastes. Les crêtes balayées par les vents en toute saison, offrent des conditions de vie extrêmes. La diversité des facteurs écologiques détermine la très grande diversité des milieux naturels, de sa faune et de sa flore.