Située en région Auvergne-Rhône-Alpes dans le département de l’Ain, la Réserve naturelle nationale de la Haute Chaîne du Jura est délimitée au nord par la frontière franco-suisse, au pied de la Dôle, et au sud, par la cluse du Rhône. Sa superficie couvre 10 909 hectares et englobe les plus hauts sommets du massif du Jura parmi lesquels le Crêt de la neige (1720 m), le Reculet (1718 m), le Colomby de Gex (1688 m) et le Crêt de la Goutte (1 621 m).

18 communes ont, pour partie, leur territoire inclus dans les limites de la Réserve naturelle : Bellegarde-sur-Valserine, Chézery-Forens, Collonges, Confort, Crozet, Divonne-les-Bains, Echenevex, Farges, Gex, Lancrans, Léaz, Lélex, Mijoux, Péron, Saint-Jean-de-Gonville, Sergy, Thoiry et Vesancy.